O CIM-UNIFESP estará ligado na Agência de Inovação (AGITS), que por sua vez está ligada a Pró-reitora de Pós-Graduação e Pesquisa. O diretor do ICT-UNIFESP possui autoridade e responsabilidade delegada pela Reitoria da UNIFESP, para assinatura dos contratos. A estrutura de gestão do CIM-UNIFESP está descrita a seguir

organograma